公司建立了完善的研发体，目前拥有研发人员50余人，其中6人有博士学位及海内外顶尖科研机构博士后经历，专业领域覆盖医药、化学、化工、材料等领域。公司核心团队依托多年来在绿色制造和医药行业的丰富经验，采用连续流反应技术、绿色催化反应技术等最新绿色智能制造技术对传统医药化学合成方法与工艺进行重新设计，以创新为驱动，建设高技术壁垒的研发和生产体系，在原料药及中间体市场掀起一场革命，并利用西部地区生产要素和环保成本低的优势迅速占据市场。在自主创新方面取得重大突破。目前公司已申请专利近80项，其中授权专利33项，软件著作权1项。2022年5月，巽田科技和中国科学院兰州化学物理研究所共建的“巽田科技—清洁能源重点实验室”联合实验室建成启用。